В Русском на Афоне Свято-Пантелеимоновом монастыре отцу Иеремии довелось неустанно трудиться над его восстановлением. В этот период обитель переживала период упадка. Поэтому его возрождение – это одна из главных заслуг отца Иеремии.

В 1975 г. отец Иеремия удостоен сана архимандрита. 10 апреля 1976 г. он был избран братией общим духовником Афонского Свято-Пантелеимонова монастыря. В декабре 1978 г. – наместником игумена, а 5 июня 1979 г. патриархом Константинопольским Димитрием утвержден в должности игумена Русского афонского монастыря. Торжественная интронизация состоялась 9 июня того же года.

В 2006 г. по афонской традиции отец Иеремия принял постриг в великую схиму.