Въ сентябре 1893 г. онъ вынужденъ былъ поступить въ монастырскую больницу. Тамъ надоело ему без дела и, далеко не поправившись, онъ черезъ месяцъ выписался. Заботы и скорби послушанія усилили болезнь: на Фоминой неделе следующаго года онъ слегъ въ постель, отправленъ въ монастырь и, по принятіи въ больницу, особорованъ. Дни его были сочтены. Онъ таялъ, – какъ свеча. Последніе три дня каждый день причащался Св. Таинъ. Когда 12 мая у него началась агонія, смотритель больницы громко сказалъ ему надъ ухомъ: «Отецъ Евгеній, какъ же вы умираете безъ причастія»?! И что же? агонія прекратилась, умирающій открылъ глаза, пришелъ в чувство и просилъ причастить. Братскій духовникъ въ Таинстве Св. Евхаристіи соединилъ его со Христомъ-Богомъ и прочиталъ отходную, въ конце которой, въ 8 часов утра, праведная душа отца Евгенія тихо отлетела въ небеса.

Многіе изъ братій, видя или слыша о блаженной кончине отца Евгенія, не усомнились назвать его святымъ человекомъ. Все сожалели о его ранней смерти, подчиненные почившаго плакали.

На могильномъ кресте почившаго надпись говоритъ: «Подъ симъ крестомъ погребенъ монахъ Евгеній», въ міре Евменій Бобровъ, скончавшійся смертію праведника 12 мая 1894 года на 33 году отъ роду. Онъ съ полнымъ усердіемъ и любовію къ ближнимъ послужилъ обители десять летъ».

Отецъ N долго немирствовалъ на отца Евгенія, но никакъ не ожидалъ его скорой кончины. Разлука, безъ должнаго примиренія, терзала его сердце. Благородный незлобіемъ сердца и благосклонный къ скорбямъ ближнихъ отецъ Евгеній является ему во сне. N обрадовался и сказалъ: «я скорблю, что съ тобой не простился». Явившійся отвечалъ: «вотъ потому я и пришелъ къ вамъ». Съ этими словами Евгеній палъ въ ноги отцу N, а тотъ ему. «Съ техъ поръ, –говорилъ отецъ N, – скорбь моя прошла и я обрелъ душевный миръ».