Казалось, наступил мир, но святой Иоанн продолжал свои обличения и вновь был изгнан из своего кафедрального града, но этот раз навсегда. Три года длилось его изгнание. Сначала святой пребывал в Малой Армении а затем его решили перевести еще дальше (в Команы). Изможденный, почти умирающий, он пешком через горы отправился в свой последний путь. Наконец от слабости он остановился на месте, где был уединенный храм, посвященный святому мученику Василиску. Здесь Иоанну явился мученик и сказал, что завтра они будут вместе. На другой день, причастившись Святых Таин, святой Златоуст скончался со своими обычными словами: «Слава Богу за все...» Это произошло 14 сентября 407 года. Впоследствии его тела было перевезено в Константинополь. Сын и дочь императора, при котором он жил и трудился, коленопреклоненно у его гроба молили угодника простить грех родителей.
За свою жизнь святой Иоанн написал множество книг, среди которых — подробнейшие толкования на Священное Писание. После него осталось огромное количество писем, из которых мы подробна знаем все обстоятельства его жизни. Но, может быть, самый большим его вкладом является создание чина Божественной литургии, которую мы ежедневно совершаем в течение года, за исключением нескольких дней. Недаром святой Иоанн Златоуст является единственным святым, которого поминают на отпусте литургии в самый день Святой Пасхи, когда пред светом воскресшего Спасителя как бы отступают все святые.
Также святитель Иоанн оставил нам подвиг своей жизни, пример своего духовного пути. Путь нелегкий, путь тернистый, но на каждом этапе этого пути Златоуст восклицал: «Слава Богу за все!» — и в ответ на это смирение и