В XVI - первой половине XVII-го века монастырь претерпевал неоднократные разорения со стороны крымских татар, но неизбежно возрождался.

В XVI веке была предпринята попытка перенести монастырь в более безопасное место, к "засечной черте", под защиту русских пограничных дружин. Однако икона апостола Иоанна Богослова, которую братия взяла с собой, перенеслась назад, а вслед за ней вернулась и братия.

До середины XVII-го века все постройки в обители были деревянными.

После указа Императрицы Екатерины II от 1764 года о секуляризации церковных земель Иоанно-Богословский монастырь, как и многие другие русские обители, приходит в упадок. Пора нового духовного и хозяйственного расцвета для него наступает во второй половине XIX-го века.

В 1860 году неподалеку от обители приобретает загородное имение Давид Иванович Хлудов - потомственный почетный гражданин, купец 1-й гильдии, ставший главным благотворителем монастыря. Настоятелем обители 22 марта 1865 года назначается иеромонах Виталий (Виноградов). Сам монастырь преобразуется в общежительный.

Иеромонах Виталий, ставший игуменом, а затем архимандритом, управлял обителью в течение полувека и скончался в 1915 году в возрасте почти 100 лет. Число братии при нем весьма возросло и составило более 100 человек.

Множество дивных чудес явил святой апостол и евангелист Иоанн Богослов через свою икону, но особенно много чудесных исцелений было на Святом источнике, расположенном вблизи монастыря, рядом с древними монастырскими пещерами.