В 1931 году насельники монастыря во главе с престарелым настоятелем архимандритом Зосимой (Мусатовым) были арестованы и осуждены к различным срокам ссылки в Казахстан. Сам монастырь был закрыт и упразднен. Накануне закрытия из обители исчез древний чудотворный образ апостола Иоанна Богослова и с того времени местонахождение иконы неизвестно.

Осенью 1988 года Иоанно-Богословский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. Его наместником стал архимандрит Авель (Македонов). С этого времени началось восстановление разрушенной обители.

В 2004 году батюшка Авель, обремененный тяжестью лет, ушел на заслуженный покой, а управление обителью было возложено на преосвященного Иосифа, епископа Шацкого, викария Рязанской епархии, ставшего в ее истории первым настоятелем - архиереем.

Летом 2006 года по решению Священного Синода владыка Иосиф был назначен управляющим Иваново-Вознесенской епархией.

6 декабря 2006 года архимандрит Авель после продолжительной болезни мирно почил о Господе.

С 2006 по 2011 годы настоятелем Иоанно-Богословского монастыря был управляющий Рязанской епархией, архиепископ Павел (Пономарев).

После освобождения от должности наместника монастыря игумена Мефодия (Илюточкина), вызванного ухудшением его здоровья, согласно постановлению Священного Синода от 27 декабря 2007 года наместником обители определено быть иеромонаху Дионисию (Порубаю).